Loài mèo này được liệt kê trong phụ lục II của Công ước thương mại quốc tế về các loài động, thực vật hoang dã nguy cấp (CITES),[67] có nghĩa loài này không được xem là bị đe dọa tuyệt chủng, nhưng săn bắt và kinh doanh phải được theo dõi chặt chẽ. Loài vật này được quy định trong cả ba nước phạm vi của chúng và tìm được tại một số khu vực bảo vệ thuộc Hoa Kỳ, lãnh thổ chính của loài.[28] Ước tính từ cục cá và động vật hoang dã Hoa Kỳ xếp số lượng linh miêu đuôi cộc từ 700.000 đến 1.500.000 cá thể tại Mỹ vào năm 1988, với sự gia tăng phạm vi và mật độ quần thể đề xuất con số lớn hơn trong những năm tiếp theo; vì những lý do này, Mỹ đã kiến ​​nghị CITES loại bỏ loài mèo này khỏi Phụ lục II.[12] Quần thể tại Canada và México vẫn ổn định và khỏe mạnh. IUCN liệt kê linh miêu đuôi cộc vào danh sách "loài ít quan tâm", ghi nhận chúng tương đối phổ biến và phong phú, nhưng thông tin từ phía nam México khá ít ỏi.[2] Loài được xem có nguy cơ tuyệt chủng tại Ohio, Indiana và New Jersey. Chúng được gạch bỏ khỏi danh sách bị đe dọa tại Illinois vào năm 1999 và tại Iowa vào năm 2003. Tại Pennsylvania, săn bắn và đánh bẫy hạn chế được cho phép một lần nữa, sau khi bị cấm từ 1970 đến 1999. Linh miêu đuôi cộc cũng bị suy giảm quần thể tại New Jersey vào thời điểm chuyển giao thế kỷ 19, chủ yếu do phát triển thương mại và nông nghiệp gây ra nạn chia cắt sinh cảnh; năm 1972, linh miêu đuôi cộc được pháp luật bảo vệ đầy đủ và được liệt kê có nguy cơ tuyệt chủng tại tiểu bang vào năm 1991.[16] L. r. escuinipae, phân loài tìm được tại México vào một thời gian từng được Cục cá và động vật hoang dã Hoa Kỳ xem xét nguy cơ tuyệt chủng, nhưng bị loại khỏi danh sách vào năm 2005.[68]

Linh miêu đuôi cộc từ lâu đã có giá trị cho cả bộ lông lẫn săn thể thao; chúng bị con người săn bắt và đánh bẫy, nhưng vẫn duy trì quần thể cao, thậm chí ở miền nam nước Mỹ, nơi linh miêu bị săn lùng rộng rãi. Trong những năm 1970 và 1980, một sự gia tăng chưa từng có về giá cả bộ lông linh miêu đuôi cộc gây ra nạn săn bắn tràn lan hơn nữa, nhưng đến đầu năm 1990, giá cả đã giảm đáng kể.[69] Quy định săn bắn vẫn tiếp tục, với một nửa tỷ lệ tử vong ở vài quần thể được quy cho nguyên nhân này. Kết quả, tỷ lệ tử vong của linh miêu đuôi cộc sai lệch vào mùa đông, khi mùa săn bắn khai màn thường lệ.[36]

Đô thị hóa có thể dẫn đến kết quả cảnh quan thiên nhiên tiếp giáp nhau bị phân mảnh, tiến vào trong môi trường sống không đều tại khu vực đô thị. Động vật sống tại những khu vực bị phân mảnh này, thường bị hạn chế di chuyển giữa những môi trường sống không đều, có thể khiến dòng gen giảm và truyền nhiễm mầm bệnh. Loài động vật như linh miêu đuôi cộc đặc biệt nhạy cảm với sự phân mảnh do bởi phạm vi sinh sống lớn của chúng.[70] Một nghiên cứu ở ven biển miền nam California đã chỉ ra quần thể linh miêu đuôi cộc bị ảnh hưởng bởi đô thị hóa, xây đường giao thông và những phát triển khác. Quần thể không bị suy giảm nhiều như dự đoán, nhưng thay vào đó kết nối nhiều quần thể khác nhau bị ảnh hưởng. Điều này dẫn đến suy giảm tính đa dạng di truyền tự nhiên giữa quần thể linh miêu đuôi cộc.[71] Đối với linh miêu đuôi cộc, bảo tồn không gian rộng mở đủ số lượng và chất lượng là cần thiết cho khả năng phát triển quần thể. Giáo dục người dân địa phương về động vật rất quan trọng, cũng như, để bảo tồn ở khu vực đô thị.[72]